<<遊戲王：次元的黑暗面>>是於2016年上映的<<遊戲王>>系列劇場版動畫。本作是為了紀念在1996年起開始的<<遊戲王>>系列漫畫連載二十週年所推出的動畫電影。
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武藤遊戲與身體內的另一靈魂「亞圖姆」（闇遊戲）正式道別後，重新回歸平凡的學校生活。但將亞圖姆視為勁敵的海馬瀨人，在消失的地方發掘「千年積木」並打算將其重新完成，試圖再度復活亞圖姆並與他決鬥。海馬集團的挖掘團隊挖出積木後，工作遭迪瓦中斷，他與海馬決鬥並取走了積木的兩塊碎片，並將一塊碎片交給他的妹妹塞拉保管，但塞拉將碎片交給武藤遊戲。
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藍神回到童實野市，目標之一是找獏良復仇。原來藍神和這些有次元能力的孩子是當年夏迪收養的，獏良父親當年找千年智慧輪的時候，被智慧輪中的黑暗力量殺死，獏良接觸智慧輪之後也邪神上身， 迪瓦以假名藍神與遊戲等人建立友誼，並注意到遊戲的朋友貘良，便使用他的能力將貘良送到另一個次元。貘良對此道歉並解釋自己當時的行為是受到千年智慧輪內的邪神影響而導致。
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海馬瀨人用誇張到不行的一對高科技，像是直達太空的電梯，在太空中的實驗室，使用電腦重組千年積木後， 發現遺失了兩個碎片，便挾持藍神並告知遊戲(因為知道在遊戲手上)，並強迫他們參加自己設計的新型決鬥盤的展示會，新型決鬥盤使用了量子網路設計，可以連結大腦，好像可以透過大腦的記憶模擬出卡片還什麼鬼，所謂手中無卡，心中有卡，人卡合一的最高境界。海馬還使用類似的方法在自己的實驗室模擬出AI法老王對決，有夠誇張，雖然贏了但因為只是記憶所以他仍然不滿足，才想要拼湊千年雞母把法老王的靈魂給叫回來，在新型戰鬥盤的展示會上，海馬打算透過決鬥擊倒藍神和遊戲以取得他們手中的碎片，但由於貘良仍在另一次元，遊戲便要海馬讓自己先與藍神決鬥。
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遊戲擊倒了藍神，讓貘良得以歸來。當遊戲與海馬對決時，遊戲組裝了千年積木並表示亞圖姆的靈魂已不復存在。他們的決鬥被受到千年智慧輪影響的藍神中斷，海馬便和遊戲搭檔挑戰藍神。海馬在決鬥中犧牲自己以保護遊戲(沒想到海馬竟然也會犧牲自己?!)。在決鬥最後、遊戲喚出了亞圖姆，亞圖姆只是召喚出瑪哈特就莫名地把藍神給打敗了 (令我難過的是亞圖姆竟然都沒發出聲音只有露出臉就消失了嗚嗚，好歹跟遊戲說一下話啊啊啊)，亞圖姆和千年積木在之後都消失了，而海馬也平安歸來。
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在故事的最後，遊戲的朋友杏子和遊戲等人在機場道別，前往美國實現自己成為舞者的夢想，而海馬用他的科技重現了藍神的能力，讓自己的意識回到古埃及與亞圖姆見面。
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