西元1860年代，約當中國清朝咸豐與同治皇帝在位時期，日本『德川幕府』三百年的鎖國政權，因為歐美國家大量商船來航要求開港通商而面臨嚴峻挑戰。
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尊皇、佐幕、攘夷、開國——各種野心與思想齊出爭鳴，持劍的武士分為兩大派：『幕府武士』與『維新志士』彼此之間互相爭鬥不已，造就了歷史上充斥血腥殺戮的幕末黑暗時期。
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主張尊皇攘夷、號稱『尊攘派』的維新志士中以『長州藩』為大宗，著名的領導人物有桂小五郎（後來的木戶孝允）、高衫晉作、山縣有朋等人。其中，高衫晉作先後所創立或組織的部隊，例如：『奇兵隊、報國隊、南園隊……』各種作戰隊伍，成員除了武士之外還包括農民與町人（商人或工人），這是首先打開長久以來只有武士才能當兵的規矩。再加上對於戰術的改革與武器的改良，令長州藩兵成為領先其他各藩藩兵的西式化軍隊。
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擁戴幕府政權的『佐幕派』勢力中，『會津藩』是其中主力之一，末代藩主松平容保在擔任京都守護職的職務時，派遣麾下的『新撰組』（也是爾後奧州會津戰爭的幕府軍部隊之一）與『會津直轄隊』一起擔負了取締尊攘派志士和維持京都治安的重責大任。
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因此『會津藩新撰組』與『長州派維新志士』，在時局的左右下，有著宿命般的對立。
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故事就從元治元年，西元1864年開始演繹。主演的舞台，即是陷入動盪紛亂的千年王城——京都。
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